Что такое ПЦР-пробирка?

Что такое пробирка для ПЦР?

Пробирки для ПЦР — это пластиковые пробирки, специально предназначенные для использования в экспериментах ПЦР. В качестве материала обычно используется полипропилен, и доступен широкий выбор размеров, форм и цветов.

Применение пробирок для ПЦР

Рисунок 1. Пробирка для ПЦР и принцип ПЦР

ПЦР — это аббревиатура от полимеразной цепной реакции, метода, который использует ДНК-полимеразу для амплификации целевой последовательности ДНК от одной до нескольких миллионов копий за короткий промежуток времени. В частности, серии реакций 1-3 ниже называются «циклами», и при повторении 25-35 циклов копии целевой ДНК синтезируются экспоненциально.

1. Денатурация: двухцепочечная матрица ДНК нагревается для разделения цепей ДНК
2. Отжиг: короткие молекулы ДНК, называемые праймерами, прикрепляются к соседним областям целевой ДНК
3. Удлинение: ДНК-полимераза синтезирует комплементарные цепи матрицы в направлении 3′-конца, начиная с каждого праймера

Устройство, используемое для автоматического управления температурным циклом и временем инкубации в ПЦР, представляет собой термоциклер; пробирки для ПЦР производятся для использования в термоциклере. Чтобы выбрать правильную пробирку для ПЦР, необходимо правильно понимать характеристики термоциклера, который вы будете использовать.

Кроме того, поскольку существуют различные типы ПЦР, такие как стандартная ПЦР, градиентная ПЦР, ПЦР в реальном времени и qPCR, необходимо выбрать подходящую ПЦР для ваших целей. В то же время также важно правильно подготовить экспериментальную аппаратуру и реагенты в соответствии с типом эксперимента.

Структура пробирки ПЦР

Рисунок 2. Различные пробирки ПЦР (одна пробирка)/Рисунок 3. Пример 8-рядной пробирки ПЦР

В качестве материала обычно используется полипропилен. Полипропилен химически инертен и может выдерживать быстрые перепады температур во время термоциклирования. Кроме того, стенки трубок изготавливаются тонкими и однородными для улучшения теплопередачи от термоциклера.

Кроме того, они изготавливаются с максимальной тщательностью, чтобы гарантировать отсутствие пыли и примесей, таких как эндонуклеазы, пирогены, ДНК, смазочные вещества, красители, тяжелые металлы и наполнители. Это связано с тем, что если продукт загрязняется во время производства, частицы пыли могут оставаться и мешать ПЦР, или фрагменты ДНК могут служить шаблонами для неспецифической амплификации, что приводит к снижению экспериментальной точности.

Структура состоит из части трубки, которая удерживает образец, и части крышки, и доступна в виде одного типа с одной отдельной трубкой или типа с 8 или 12 трубками с несколькими трубками.

Существует два типа форм крышек: плоская и куполообразная, одна с одной крышкой на трубку, и одна с несколькими крышками в ряд, которые отделены от трубки.

Существует два типа секций трубки, одна с нормальной высотой (стандартный профиль) и другая с меньшей высотой (низкий профиль). В дополнение к прозрачному типу, также доступны белые.

Как выбрать пробирки для ПЦР

Важно выбирать в соответствии с типом эксперимента и использовать подходящую для используемого вами термоциклера. Например, прозрачные пробирки (прозрачный тип) облегчают проверку содержимого, в то время как белые пробирки повышают чувствительность qPCR, предотвращая преломление и рассеивание флуоресценции за пределы пробирки.

Куполообразные крышки обеспечивают быструю передачу тепла от термоциклера, в то время как плоские крышки можно пометить маркером и их легче проколоть иглой во время сбора образцов.

Низкопрофильные пробирки с меньшей высотой минимизируют площадь пространства в реакционном сосуде, тем самым уменьшая эффекты испарения и увеличивая теплопроводность по сравнению с обычными. Низкопрофильные пробирки иногда называют быстрыми пробирками, поскольку они совместимы с быстрыми термоблоками.

Пробирки для ПЦР подходят для экспериментов ПЦР малого и среднего масштаба, а когда масштаб больше, подходят планшеты для ПЦР.